Yakın bir gelecekte yaşlanmış ve yorgun düşmüş Wolverine ve Profesör X, Meksika sınırında saklanmaktadır. Fakat Logan'ın dünyadan gizlenmesi ve mirası, karanlık güçler tarafından takip edilen genç bir mutant geldiğinde sona erecektir. Şimdi Wolverine de genç bir kadın klonunu, Nathanial Essex'in liderliğindeki kötü bir organizasyondan korumalıdır.