Mothra, Rodan ve ezeli düşmanı olan 3 başlı Kral Ghidorah ile çatışan tehlikeli Godzilla da devasa boyutlardaki güçlü canavarların arasında yer almaktadır. Bu efsane oldukları sanılan antik süper türler tekrar yükselip de karşı karşıya geldiğinde hepsi, üstünlük için mücadeleye girişeceklerdir. Bu tehlikeli mücadele sırasında insanlığın var oluşunun dengesi de pamuk ipliğine bağlı bir hale gelecektir. Bu savaşta kimin kazanacağı, insanlığın kaderini etkilemesinin yanında gezegenin baskın türünün kim olacağını da kanıtlayacaktır.