Mutantlar henüz yer altında yaşarken kendilerini ve güçlerini, normal insanlara deşifre işfa etmeden önce Charles Xavier ve Erik Lensherr, yani Profesör X ve Magneto, doğaüstü güçlerini keşfetmeye başlayan 2 genç delikanlıdır. Henüz birbirlerine düşman kesilmeden önce, kendileri gibi dışlanan diğer Mutantlarla işbirliği yaparak dünyayı tehdit eden tehlikeleri önlemeye çalışmaktadırlar. 2 yakın arkadaşın arası zamanla fikir ayrılıkları nedeniyle açılmaya başlayacaktır. O günden sonra Profesör X ve X-Men arasında devam eden ezeli rekabet nesilden nesle aktarılacaktır.