İrlanda asıllıdır. Fassbender'ın ekrandaki ilk rolü Tom Hanks ve Steven Spielberg'ün ödüllü "Band of Brothers" adlı mini dizisindeki 'Burton P. (Pat) Christenson' karakteridir. Sky One'da yayımlanan "Hex" adlı dizinin iki serisinde de "Azazeal" karakterini canlandırdı.

İngiliz müzik grubu The Cooper Temple Clause'un Blind Pilots şarkısına çekilen klipte ana karakteri oynamıştır. 2004'ün başlarında Guinness (bira markası)'in televizyon reklamı olan The Quarrel'de İrlanda'dan yüzmeye başlayıp New York'a ulaşmaya çalışan bir adama hayat vermiştir. Reklam 2005'te FAB Ödülleri'nde altın madalya kazanmıştır.

2006'da Zack Snyder tarafından yönetilen "300 Spartalı" filminde genç bir Spartalı savaşçı olan 'Stelios' rolünü oynadı, film ticari bir başarı elde etti. Steve McQueen'in 2008'deki "Açlık" (Hunger) filmindeki İrlanda Ordusu'nun esiri olan 'Bobby Sands' rolüne hazırlanırken kendisine günde 600 kalori kaybettirecek bir diyete girmiştir. "Açlık" (Hunger, 2008) filmindeki performansından dolayı İngiliz Bağımsız Film Ödülü'nü kazanmayı hak etmiştir.

Ardından İngiliz subay olan 'Teğmen Archie Hicox' karakterini canlandırdığı Quentin Tarantino'nun "Soysuzlar Çetesi" (Inglourious Basterds) filminde oynadı.

Sonrasında ise artık Hollywood ve izleyiciler tarafından tanınmış ve kabul görmüş olan Fassbender, 1962 yılındaki Charles Xavier ve Magneto arasındaki dostluğu anlatan, "Marvel'ın X-Men" serisinin devam filmi olan "X Men: Birinci Sınıf" filminde 'Magneto' karakterini canlandırdı. Film dünya çapında büyük bir başarı yakalamış Fassbender ise dünyaca tanınan bir film yıldızı haline gelmiştir.

Daha sonra "Utanç" (Shame 2012) adlı filmde 30'lu yaşlarda seks bağımlılığıyla mücadele eden bir adam olarak izleyicilerin karşısındaydı. Bu film ile yönetmen Steve McQueen ile yeniden bir araya gelmiş oldu. Bu rol ile Venedik Uluslararası Film Festivali'nde Volpi Kupası En İyi Erkek Oyuncu Ödülü'nü kazandı.