Bir önceki filmin son kısmında bir takım telepatik yeteneklere sahip olan Jean Grey, sevdiği dostları için kendisinden vazgeçmişti. Bu sefer Phoenix yani Anka Kuşu aracılığı ile yeniden hayat bulmuştır. Elbette her şeyin olduğu gibi bu durumun da bir bedeli olacaktır. Hatta bu bedeli ödemesi gereken başkaları da vardır.