Neo kendisini ajanların ve makinelerin ellerinden kurtarmayı başarmıştır. Ancak makineler insanların elde kalan son şehri olan Zion'u bulma konusunda önemli aşamalar kat etmişlerdir. Neo'nun görevi artık sadece kendisini değil, kurtulmuş insanlığı da bir daha kurtarmak olacaktır. Zion direnmek zorundadır. Seçilmiş kişi olan Neo ise Anahtarcı'yı bulup hem kendi kimliğiyle hem de insanlığın geçmişiyle ilgili yeni sırları aralayıp, ne kadar önemli bir misyona sahip olduğunu yeniden anlayacaktır.