Profesör Xavier, dünyada birçok kişinin farkında olmadığı bir durumu bilmektedir. Bu nedenle kendi isteklerinden bağımsız olarak çeşitli mutasyonlara uğramış olan insanları, yeteneklerini açığa çıkarabilmek adına bir okulda toplamıştır. Toplanılan bu gençlerin asıl amacı, dünyaya kötülük salmaya hevesli olan yapay mutantların vahşetini engellemektir. X-Men ekibi, bir yandan politikacıların karalama politikalarıyla uğraşırken, diğer taraftan dünyayı kurtarmaya çalışacaklardır.