Atılgan gemisinin mürettebatı uzayın bilinmeyen derinliklerinde kendilerini ve federasyonun temsil ettiği her şeyi sınayan gizemli, yeni bir düşmanla karşılaşır. Kirk ve ekibini yok olma tehlikesi ile karşı karşıyadır. Ayrıca bu bilinmeyen, ıssız bölgede iletişime geçebilecekleri kimse bulunmamaktadır. Kaptan Kirk, mürettebatı toparlamaya ve Yorktown üssünü kurtarmak için geri dönmeye çalışacaktır.