Filipinler'de tanımlanamayan dev yaratıklara ait kalıntılara rastlanmıştır. Bundan çok kısa bir süre sonra, Japonya'da nükleer santralde bir felaket meydana gelir. Şehirde santrale yakın olan bölge, nükleer kirlilik sebebiyle tehlikeli bölge ilan edilmiştir. Amerikalı Joe Brody, resmi açıklamanın aksine bu felaketin bir deprem olmadığına inanmaktadır. Oğlu Ford askeri kuvvetlere alındığında, aklına gelen ilk düşünce Japonya'ya gidince babasını alıp Amerika'ya geri götürmek olur. Bu sırada Joe Brody, kirlilik olan bölgeye vardığında 15 yıl önceki işaretlerin tekrar ortaya çıktığını fark edecektir. Bir yaratık, nükleer enerjiden beslenerek etrafında bir yıkımın izlerini bırakarak gitmiştir. Canavarı durdurmak için Amerikan ordusu harekete geçer. Bu sırada Ichrio Serizawa tarih öncesi çağlardan bu yana varolan efsanevi yaratık Godzilla'yı keşfeder. Devasa canavar Godzilla uykusundan uyanıp kendisine yapılanların intikamını almak harekete geçmiştir.