Makineler Zion'a ulaşabilmek için kazmaya devam etmektedirler. Ajan Smith ise bağımsızlığını ilan etmiş; hem insanları hem de makineleri karşısına almıştır. Neo'nun tek düşmanı sadece insanlığın sonunu hazırlayan makineler değildir. Ajan Smith, her iki tarafı da tehdit etmektedir. Ancak bir sorun vardır. Neo, araf adındaki bir yerde hapsolmuştur. Düşmanlarını alt edebilmek için öncelikle buradan kurtulmalıdır.