Kobo'nun ihanetine uğrayarak, ırkından büyük kayıplar veren Sezar, insanlığın onları affetmeyeceğini bilerek savaşa hazırlanıyordu. Film bizi bir önceki filmden bıraktığ yerden alıyor ve savaşın ortasına götürüyor. Sezar her ne kadar savaşmak istemeyip, barışı seçse de, insanlık adına savaşan Albay, acımasızlığı ile nam salan ve maymunların kökünü kazımak için her türlü yolu denemektedir. Ancak Sezar'ın da Albay karşısında boyun eğmeye niyeti yoktur. Şimdi iki ırkın da geleceğinin kaderi bu yüzleşmeye bağlıdır.