Shinji Ikari, yaşanan yenilgiden sonra derin bir depresyona girer. Bu sırada Seele, Gendo henüz kontrolü altında Üçüncü Çarpma’yı ve Tamamlama’yı tetiklemeden hemen önce Eva’ları yok etmeyi planlar. Bu yüzden de Seele, Nerv’e büyük bir saldırı düzenler. İnsanlığın kaderine karar verecek olan Shinji Ikari vakit kaybetmeden harekete geçmek zorundadır.