Japon bilim adamları okyanusun derinliklerinde keşfettikleri dev nesne, şimdiye kadar dünyamızda rastlanan hiçbir oluşuma benzememektedir. Bu keşfin yaşandığı sıralarda da garip bir şekilde aniden ortaya çıkıveren dev yaratık Godzilla’yı insanlara zarar vermeden ortadan kaldırmak üzere askeri tedbirlere başvurulmuştur. Gerek roketler gerekse de tankların ateşi bu dev yaratığa hiçbir zarar vermemektedir. Okyanus dibindeki dev oluşumu yüzeye çıkarma çalışmaları sırasında bu dev cisim aniden harekete geçer ve yüzeye çıkıp dikilir. Herkes şaşkın şaşkın onu izlerken birden değişiverir ve uçmaya başlar. Büyük bir gökdelenin üstüne konar ve o binanın içindeki bilgisayar ağını kullanarak tüm dünyadaki bilgileri elde etmeye başlar. Onun karşısına çıkan Godzilla ile savaşmaya başlayan bu cisim, uzaydan gelen ve dünyayı istila ederek kendilerinin üreme alanı olarak kullanmaya çalışan bir tür yaratıktır. Öldürmeye çalıştıkları Godzilla, insanlık için tek kurtuluş umudu haline gelmiştir.