Bu filmde de suçlulara karşı savaşan Ninja Kaplumbağalar; Michaelangelo, Donatello, Raphael ve Leonardo, ezeli düşmanları Shredder’a karşı savaşmayı sürdürüyor. Serinin ilk filmindeki olayların ardından intikam arzusuyle dolup taşan Shredder, bir şekilde kaplumbağaların mutasyonunun altında yatan gizemi keşfeder ve kaplumbağaların yapıldığı içeriği icat eden çılgın profesör Jordan Perry’i kaçırır. Shredder, bylece hiç olmadığı kadar tehlikeli bir düşman haline gelir. Shredder, bu karışımın sayesinde bir yeni bir mutant ordu yaratıp Ninja Kaplumbağalar’ı yok etmeye çalışacaktır.