İlk serüvenin sonunda başka bir gezegende değil, mahfolmuş bir dünyanın geleceğinde olduğunu anlayan Taylor ve Nova, Yasak Bölge’deki yürüyüşlerine devam etmektedir. Bu arada Brent isimli bir astronot ise, Taylor’ı bulmak için gönderilen kurtarma misyonu sırasında zaman bariyerini aşarak aynı Taylor gibi zorunlu iniş yapmıştır. Brent, at sırtında tek başına dolaşan Nova’ya rastladığında, konuşmayı bilmeyen genç kadından bir şekilde Taylor’ın yasak bölgede kaybolduğunu öğrenir. Gerçekte Taylor, yeraltındaki tünellerde yaşayan bir grup insan tarafından esir tutulmaktadır. Kendilerince tuhaf bir din geliştirmiş ve telepatik özellikleri de olan bu insanlar Maymunların Yasak Bölge’yi istila etmek üzere olduğuna inanmaktadırlar. Ellerinde herşeyi sona erdirecek çok güçlü bir silah vardır ve bu silah gezegenin tamamen yokolmasına sebep olabilecek kadar tehlikelidir.