Malta Şahini filmi, sıradan bir dedektiflik bürosu çalışanlarının içine düştüğü belalı durumu konu edinmiştir. Basit ve sıradan kayıp ya da takip işleriyle günlerini geçiren Sam ve ortağı Miles, bürolarına gelen sıradan bir kayıp vakasının izini sürmeyi kabul ederler. Sevgilisinin, kardeşiyle kaçtığını söyleyen ve ikilinin bulunmasını isteyen bu yeni müşteri ilk bakışta güven vaat eder. Ancak dedektif Sam davanın içine girdikçe inanılması güç bir komployla karşı karşıya kaldığını fark edecek, kendini kurtarmak için canla başla mücadele edecektir.