Hikayemiz, Viktoryen dönemin zengin kasabalarından biri lani halkı lükse ve keskin kokulu peynirlere düşkün olan Peynirkent'te geçiyor. Bu kentin insanlarının inandığı bir efsane vardır: Geceleri kaldırımların altında yaşayan ve Kutu Cüceleri adında yaratıklar, dışarı çıkarak çocukları ve değerli peynirleri çalmaktadır. Ancak inanılanın aksine Kutu Cüceleri, geri dönüştürülmüş kartondan evlerini sırtlrında taşıyarak oradan oraya giden ve büyük mağaralarda yaşayan topluluklardan oluşmaktadır. Küçük yaşta yetim kalan Eggs adında bir çocuğu, toplayıcı olarak yetiştirmişlerdir. Daha sonra hem onun hem de Peynirkent sakinlerinden macerayı seven zengin kız Winnie'nin yardımına ihtiyaçları olacaktır. Çünkü böcek öldürmesiyle nam salmış Archibald Snatcher peşlerindedir.