Kubo, deniz kenarındaki köyünde sessiz bir yaşam sürdürmektedir. Fakat geçmişten gelen bir ruh, eski bir kan davasını yeniden alevlendirince hayatı alt üst olacaktır. Tanrılar, canavarlar gibi pek çok doğaüstü yaratık harekete geçince, Kubo hayatta kalmak için eski bir Samuray savaşçısı olan babasının zırhını bulmak zorundadır.