1972'de başladığı yönetmenlik kariyerinde 23'ün üzerinde sinema filmi ve TV yapımına imza atmıştır.

Komünizm karşıtı tarzda çekilen 1982 yapımı film olan "Interrogation" (Sorgulama) filminin hem yönetmenliğini hem de ortak senaristliğini yapmıştır. Polonya'daki komünist otoriteler tarafından yıllarca sansürlenen film, yıllar sonra 1990'da Cannes Film Festivali'nde gösterime girmiştir.

Bugajski'nin yönettiği diğer film çalışmaları arasında Kanada yapımı dram filmi 1991 yapımı "Clearcut" ve 1996 Polonya yapımı tarihi film "Generał Nil" sayılabilir.