Emir Çubukçu 2008 yılında İtalyan Lisesi'ni bitirmiştir. 2012 yılında da Mimar Sinan Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Devlet Konservatuarı Tiyatro bölümünden mezun olmuştur. Üniversitede öğrenim gördüğü sırada çeşitli tiyatro oyunlarında rol alan Emir Çubukçu'nun ilk dizi ve oyunculuk deneyimi "Karadayı" dizisi sayesinde olmuştur. Dizideki "Osman" karakteri sayesinde de geniş kitleler tarafından tanınır hale gelmiştir. Genç oyuncu ayrıca Semiha Berksoy Opera Vakfında da bir süre asistanlık yapmıştır.