Emilia Clarke babası bir tiyatroda ses mühendisi, annesi ise iş kadını olan bir aileye sahiptir. Emilia Clarke, ilk olarak Londra’da Oxford St Edward’s okulunda okudu. Daha sonra Londra Drama Merkezi'nde tiyatro eğitimi alarak üniversiteden mezun olan Emilia Clark, Londra Tiyatro merkezinde çeşitli oyunlarda rol aldı.Bu roller ona BBC’nin "Doctors" dizisinde rol almasını sağladı. Televizyondaki ilk rolü ise "Dinazor Saldırısı" filmindeki "Savannah" karakteriyle olmuştur. Dünya çapında üne kavuşmasını sağlayan rolü ise HBO’nun 2011 yılında başlayan "Game of Thrones" dizisindeki "Daenerys Targaryen" karakteridir. "GoT" dizisi dışında Emilia Clarke’ın rol aldığı bazı dizi ve filmler "Dom Hemingway", "Triassic Attack" ve "Terminatör: Genisys"'tir.