Ben Whishaw oyunculuk hayatına Bancroft Youth Theatre’a dahil olarak başladı. Tiyatroda, Nazi soykırımı Holocaust’tan kurtulmayı başaran Primo Levi’nin hayatını canlandırdığı If This Is a Man oyunu ile eleştirmenler tarafından oldukça başarılı bulundu. 2004 yılında yer aldığı Hamlet yapımı ile oyunculuk kariyerinde önemli bir adım attı. Kısa süre sonra filmlerde de yer almaya başlayan oyuncu 2005 yılında Stoned filminde Keith Richard karakterini canlandırdı. 2011 yılında ise popüler televizyon dizisi The Hour'da yer alan oyuncu, aynı yıl Sam Mendes'in yönettiği "James Bond" film serisi "Skyfall" filminde Q karakterini canlandırdı.