Sürmene asıllı Karadenizli bir ailenin çocuğu olarak dünyaya gözlerini açtı. 2000 yılında Hamburg Devlet Güzel Sanatlar Akademisi Görsel İletişim Bölümü'nden mezun oldu. Eğitimi sırasında Wüste Film şirketiyle çalışmaya başladı.

1995 yılında ise ilk kısa filmi – "Du bist es!" (Sensin!) filmini yönetti ve Hamburg Uluslararası Kısa Film Festivali’nde izleyici ödülü aldı. "Getürkt" adlı ikinci kısa filmi de bir çok ödül kazandı.

1998 yılında ise ilk uzun metraj denemesi olan "Kısa ve Acısız" (Kurz und Schmerzlos) filmini yönetti. Başrollerinde Moritz Bleibtreu ve Chritiane Paul'un yer aldığı diğer bir uzun metrajlı filmi "Temmuz'da" (Im Juli, 2000) filminde pek çok ödül kazandı.

Fatih Akın, diğer filmlerine göre daha büyük bütçeli bir film olan ve bir aşk hikayesi ile göçmen kültürünü anlattığı "Solino" (2002) filmini çekti.

Başarılı yönetmen başrollerinde Meltem Cumbul, Güven Kıraç, Sibel Kekilli ve Birol Ünel'in yer aldığı "Duvara Karşı" (Gegen Die Wand) (2016) isimli filmi ile Metin Erksan'ın "Susuz Yaz" (1963) filminden 40 yıl sonra Berlin Film Festivali'nde Altın Ayı ödülünü kazanan Türk yönetmen oldu. Bu filmle Akın, dünya çapında ün ve beğeni kazandı. Akın için bir dönüm noktası olan bu film, dünya çapında toplam 23 ödül kazandı.

2005 yılında aşık olduğu şehir olarak tanımladığı İstanbul'un zıtlıklarını ve renkliliğini müzik ekseninde ele alan Akın, "İstanbul Hatırası - Köprüyü Geçmek" (Crossing the Bridge: The Sound of Istanbul) (2005) ismini verdiği belgeselinde Orhan Gencebay’dan Mercan Dede’ye, Sezen Aksu’dan Duman’a kadar birbirinden oldukça farklı müzisyenler eşliğinde İstanbul’u anlattı.

2005 yılında Cannes Film Festivali'nde Salma Hayek, Javier Bardem ve Emir Kusturica ile birlikte jüride yer aldı. 2007 tarihli "Yaşamın Kıyısında" filmi Almanya tarafından, ülkeyi yabancı dilde en iyi film dalında temsil etmek üzere 80. Akademi Ödüllerine gönderildi. Ayrıca 60. Cannes Film Festivali’nde En İyi Senaryo dalında ödüle layık görüldüğü gibi başrol oynayan Nurgül Yeşilçay’a da ödül ve başarı getirdi.

2009 yılında yönetmenliğini, senaristliğini ve yapımcılığını üstlendiği "Soul Kitchen" filmini çekti. Film 66. Venedik Film Festivali'nde jüri özel ödülünü aldı. Son yıllarda ise "Cennetteki Çöplük", "Kesik", "Elveda Berlin" gibi filmlere de imzasını attı.