Thomas ve arkadaşları Labirent'ten çıkmalarının sonrasında hapsedildikleri tesisten de kaçmayı başarmışlar ve dünyayı avucunun içinde tutan acımasız organizasyon W.I.C.K.E.D.'e direnen isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmeyi başarabilmişlerdir. Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu grup kendini bir kez daha W.I.C.K.E.D.'a karşı mücadele ederken bulmuştur. Bu mücadele sırasında Minho'nun organizasyon tarafından yakalanmasını engelleyememişlerdir. Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları organizasyonun peşine düşer. Bu uğurda aldıkları kararlar sadece arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini etkileyecektir.