Kaptan Dandun, bir gemi kaptanı ve dostlarının onları alt etmeye çalışan düşmanlarına karşı verdikleri mücadeleyi anlatıyor. Sharky isimli gemilerini denize indirmeye hazırlanan Kaptan Dandun ve mürettebatı başlarına geleceklerden habersizdirler. Kaptan Dandun için dostları Mikey ve Bonnie her şeyden önemlidir. Onların başı derde girdiğinde ise her şeyi yapmaya hazırdır. Dandun ve arkadaşları onları alt etmek isteyen düşmanlarına karşı zorlu bir mücadeleye atılır. Kaptan Dandun’un derin denizlerdeki dev dostları da onları yalnız bırakmaz. Dandun ve arkadaşlarının birbirlerine ne kadar bağlı olduklarını kanıtlayacak olan macera böylece başlamış olur.