Bu seçkin penguenler, gizli bir örgütün kuvvetlerine katılırlar. İsmi Kuzey Rüzgarı olan bu organizasyona lideri yakışıklı ve kuvvetli ismi gizli bir Ajan liderlik etmektedir. Bu iki takımın bir an önce güçlerini birleştirip dünyayı yok etmek için hain planlar peşinde olan korkunç Dr. Octavius Brine'ı durdurması gerekmektedir. Madagaskar serisinin sevilen Penguenleri Skipper, Kowalski, Rico ve Private'in casusluk macerasına odaklansak bile filmin orijinal seslendirme kadrosunda Benedict Cumberbatch, Eric Darnell, John Malkovich ve Simon J. Smith yer alıyor.